Ülkemizde bilimsel özerkliği kısıtlayan en temel değişiklik, 6 Kasım 1981 tarihinde YÖK`ün kurulmasıyla gerçekleştirildi. 12 Eylül cuntasının kurduğu YÖK, yıllar içinde aralarından muhalefeteyken "kaldırılmasını" vadeden partilerinde olduğu iktidarların çıkarlarına hizmet etti. Rektörleri aşırı yetkilerle donatan, üniversitelerdeki ilişkileri merkezileştiren, bilgi üretim süreçlerini kontrol ve denetim altına alan YÖK, sistematik olarak muhalif ve özgür düşünceyi sınırladı ve yıllar içerisinde siyasi iktidarlar için daha kullanışlı bir aparata dönüştürüldü.
YÖK`ün iktidarlara sunduğu olanaklardan en çok AKP iktidarları yararlandı. Sembolik rektör seçimleri bile kaldırılarak, bu dönemde rektörler doğrudan atanmaya başladı. YÖK`ün güçlendiği bu dönemde, 12 Eylül`deki 1402`ler olarak bilinen muhalif akademisyenlerin tasfiyesine benzer şekilde, 15 Temmuz darbe girişimini sonra OHAL KHK`ları ile muhalif akademisyenler, rektörlerin yaptığı listelerle ihraç edildi. Üzerinden 5 yıl geçmesine ve en üst yargı organı olan Anayasa Mahkemesi tarafından "düşünce ve ifade özgürlüklerini" kullandıkları tespit edilmesine rağmen barış akademisyenlerin, OHAL Komisyonu`na yaptığı itirazlar reddedildi. Yargı kararına rağmen YÖK`ün bu siyasi kararında ısrara edilmesi, bilimsel özerklikte gelinen son aşamayı gözler önüne sermektedir.
Bu dönemde üniversitelerde yaşanan yolsuzluklara yönelik haberler artmış, rektörlerin üniversiteleri aile şirketine çevirmeleri ve skandal uygulamalarına karşı kamuoyu tepkisine rağmen, YÖK herhangi bir adım atmamıştır. Salgın koşullarından ağırlaşan sorunlara karşı da YÖK`ün üniversitelerdeki eğitimin iyileştirilmesine yönelik bir adımı olmamış, akademisyenlerin yanı sıra idari ve teknik personel de çaresiz bırakılmıştır.
Eğitim alanındaki kamu emekçilerin örgütlendiği sendikalarının yıllar içinde geliştirdiği çözüm önerilerinin tersini hayata geçiren YÖK`ün varlığı, bilim emekçilerin en büyük sorunu olarak değerlendirilmektedir. Eğitim-Sen`in konuya ilişkin açıklamasında üniversitelerde köklü bir dönüşüme ihtiyaç duyulduğu vurgulanarak, "Ancak, artık tek başına YÖK`ün kaldırılması düşüncesi yetersizdir. Onun bugüne kadar yerleştirdiği bu düzenin köklerinden sökülüp atılması gerekmektedir. Üniversitelerin yeniden özgürlüğüne kavuşabilmelerinin ve insan, toplum, doğa yararına faaliyet gösterebilmelerinin koşulu, tam da bugüne kadar uygulanan politikaların terk edilmesiyle mümkün olabilecektir" denilmektedir.
Eğitim sendikalarının sürdürdüğü bilimsel eğitim mücadelesini desteklediğimiz vurgulayarak, "üniversiteler akademik özgürlüğün, demokrasinin, düşünce ve ifade özgürlüğünün mekânları olana kadar, üniversitelerde iş güvencesi, kamusal finansman hayat bulana kadar" mücadeleye katkı sunmaya devam edeceğimizin altını çiziyoruz.
